Die Homöopathie, die am längsten bestehende alternative Medizin in Europa, wurde 1796 von Samuel Hahnemann entwickelt. Hahnemann lehnte die Schulmedizin des späten 18. Jahrhunderts als irrational und nicht ratsam ab, da sie weitgehend unwirksam und oft schädlich war. Er befürwortete die Verwendung von Einzelmitteln in niedrigeren Dosen und vertrat eine immaterielle, vitalistische Auffassung von der Funktionsweise lebender Organismen. Der Begriff Homöopathie wurde von Hahnemann geprägt und erschien erstmals 1807 im Druck. Er prägte auch den Ausdruck „allopathische Medizin“, der sich abwertend auf die traditionelle westliche Medizin bezog.

Konzept
Samuel-Hahnemann-Denkmal, Washington, D.C., mit der Inschrift Similia Similibus Curentur – „Gleiches heilt Gleiches“.
Hahnemann kam auf die Idee zur Homöopathie, als er eine medizinische Abhandlung des schottischen Arztes und Chemikers William Cullen ins Deutsche übersetzte. Hahnemann war skeptisch gegenüber Cullens Theorie, dass Chinarinde Malaria heilt, weil sie bitter ist, und nahm deshalb etwas Rinde zu sich, um zu untersuchen, was passieren würde. Er erlebte Fieber, Schüttelfrost und Gelenkschmerzen: Symptome, die denen der Malaria selbst ähnelten. So kam Hahnemann zu der Überzeugung, dass alle wirksamen Arzneimittel bei gesunden Menschen ähnliche Symptome hervorrufen wie die Krankheiten, die sie behandeln. Dies führte zu dem Namen „Homöopathie“, der sich aus dem Griechischen ableitet: ὅμοιος hómoios, „-artig“ und πάθος páthos, „Leiden“.
Die Lehre, dass diejenigen Arzneimittel wirksam sind, die ähnliche Symptome hervorrufen wie die, die durch die von ihnen behandelten Krankheiten verursacht werden, das so genannte „Gesetz der Ähnlichkeit“, wurde von Hahnemann mit der lateinischen Formulierung similia similibus curentur oder „Gleiches heilt Gleiches“ ausgedrückt. Hahnemanns Ähnlichkeitsgesetz ist unbewiesen und entstammt nicht der wissenschaftlichen Methode. Ein 1861 veröffentlichter Bericht von Oliver Wendell Holmes über die Auswirkungen des Verzehrs von Chinarinde konnte die von Hahnemann beschriebenen Symptome nicht reproduzieren. Spätere wissenschaftliche Arbeiten zeigten, dass Chinarinde Malaria heilt, weil sie Chinin enthält, das den Parasiten Plasmodium falciparum, der die Krankheit verursacht, abtötet; der Wirkungsmechanismus steht in keinem Zusammenhang mit Hahnemanns Ideen.

Prüfverfahren
Hahnemann begann zu testen, welche Wirkungen verschiedene Substanzen beim Menschen hervorrufen können, ein Verfahren, das später „homöopathische Prüfung“ genannt wurde. Bei diesen Prüfungen mussten die Probanden die Wirkungen der eingenommenen Substanzen testen, indem sie alle ihre Symptome sowie die Begleitumstände, unter denen sie auftraten, aufzeichneten. Im Jahr 1805 veröffentlichte er eine Sammlung von Prüfungen, und eine zweite Sammlung von 65 Präparaten erschien in seinem Buch Materia Medica Pura (1810).
Da Hahnemann der Meinung war, dass große Dosen von Arzneimitteln, die ähnliche Symptome verursachten, die Krankheit nur verschlimmern würden, plädierte er für extreme Verdünnungen. Es wurde eine Technik zur Herstellung von Verdünnungen entwickelt, von der Hahnemann behauptete, dass sie die therapeutischen Eigenschaften der Substanz bewahren und gleichzeitig ihre schädlichen Wirkungen beseitigen würde. Hahnemann glaubte, dass dieses Verfahren „die geistähnlichen Heilkräfte der rohen Substanzen“ verstärkte. In seinem Buch The Organon of the Healing Art (1810) gab er einen Überblick über sein neues Medizinsystem. 1921 erschien eine sechste Auflage, die Homöopathen noch heute verwenden.
Miasmen und Krankheiten
Im Organon führte Hahnemann das Konzept der „Miasmen“ als „infektiöse Prinzipien“, die chronischen Krankheiten zugrunde liegen,[48] und als „eigentümliche krankhafte Störungen der Lebenskraft“ ein. Hahnemann brachte jedes Miasma mit spezifischen Krankheiten in Verbindung und ging davon aus, dass die anfängliche Exposition gegenüber Miasmen lokale Symptome wie Haut- oder Geschlechtskrankheiten verursacht. Er behauptete, dass, wenn diese Symptome durch Medikamente unterdrückt würden, die Ursache tiefer liege und sich als Krankheiten der inneren Organe zu manifestieren beginne. Die Homöopathie vertritt die Auffassung, dass die Behandlung von Krankheiten durch die direkte Linderung ihrer Symptome, wie sie in der konventionellen Medizin manchmal praktiziert wird, unwirksam ist, weil alle „Krankheiten im Allgemeinen auf eine latente, tief sitzende, zugrunde liegende chronische oder ererbte Tendenz zurückgeführt werden können“[51]. Das zugrunde liegende Miasma bleibt bestehen, und tief sitzende Beschwerden können nur durch die Beseitigung der tiefer liegenden Störung der Lebenskraft behoben werden.
Hahnemanns Hypothesen für Miasmen stellten ursprünglich nur drei lokale Symptome vor: Psora (Juckreiz), Syphilis (Geschlechtskrankheit) oder Sykose (Feigenwarzenkrankheit). Von diesen war die Psora die wichtigste, da sie mit allen juckenden Hautkrankheiten zusammenhing und als Grundlage für viele weitere Krankheitszustände angesehen wurde. Hahnemann hielt sie für die Ursache von Krankheiten wie Epilepsie, Krebs, Gelbsucht, Taubheit und Katarakt. Seit Hahnemanns Zeit sind weitere Miasmen vorgeschlagen worden, von denen einige Krankheiten ersetzen, die zuvor der Psora zugeschrieben wurden, darunter Tuberkulose und Krebsmiasmen.
Hahnemanns Miasmentheorie bleibt auch in der heutigen Zeit innerhalb der Homöopathie umstritten und umkämpft. Die Miasmentheorie wurde als eine Erklärung kritisiert, die entwickelt wurde, um das System der Homöopathie angesichts von Behandlungsfehlern zu bewahren, und als unzureichend, um die vielen Hunderte von Krankheitsarten abzudecken, sowie als unzureichend, um Krankheitsveranlagungen sowie Genetik, Umweltfaktoren und die einzigartige Krankheitsgeschichte eines jeden Patienten zu erklären.